Trong những năm gần, công tác quản lý Nhà nước về tài nguyên nước đã có những chuyển biến tích cực. Từ năm 2003 đến nay, tổng cộng đã có 18 văn bản quy phạm pháp luật, trong đó có 5 Nghị định của Chính phủ, 1 Quyết định của Thủ tướng Chính phủ và nhiều thông tư hướng dẫn thi hành các Nghị định của Chính phủ cùng các chỉ thị, quyết định trong lĩnh vực tài nguyên nước đã được ban hành tạo hành lang pháp lý quan trọng để đưa Luật Tài nguyên nước vào cuộc sống.
Đến nay, một số lưu vực sông lớn và vùng trọng điểm (lưu vực sông Hồng, sông Cầu, hệ thống sông Mã, sông Đồng Nai - Sài Gòn...; các vùng kinh tế trọng điểm phía Bắc, vùng cực Nam Trung bộ, vùng Tây Nguyên, vùng Đồng tháp mười, vùng Tứ giác Long Xuyên, một số đảo lớn, quan trọng như Phú Quý, Phú Quốc đã hoặc đang được điều tra. Hiện Cục đã và đang triển khai xây dựng 15 quy hoạch tài nguyên nước lưu vực sông hoặc vùng lãnh thổ. Alat điện tử và bộ bản đồ dạng số lưu vực sông của toàn bộ hệ thống sông, suối Việt Nam (khoảng 2.600 sông, suối) đang được hoàn chỉnh để công bố và chuyển giao cho 63 tỉnh, thành phố và các cơ quan, đơn vị liên quan khai thác, sử dụng. Đây là một cơ sở, nền tảng hết sức quan trọng phục vụ công tác quy hoạch, khai thác, sử dụng, bảo vệ tài nguyên nước của các Bộ, ngành, các lĩnh vực kinh tế ở Trung ương và địa phương.
Nhằm giải quyết những nhiệm vụ có tính cấp bách để đảm bảo cấp nước cho nhân dân miền núi, vùng đồng bào dân tộc thiểu số Cục đang tiến hành triển khai đề án Chính phủ về "Điều tra, đánh giá nguồn nước ngầm khu vực Trung du và Miền núi Bắc Bộ" và đề án "Giảm thiểu tác hại của Arsenic trong nguồn nước sinh hoạt ở Việt Nam". Hiện đề án này đã khoanh vùng trên bản đồ các xã, khu vực có nguy cơ ô nhiễm cao; đánh giá mức độ ảnh hưởng của việc sử dụng nguồn nước nhiễm Arsenic tới sức khỏe cộng đồng; đề xuất giải pháp giảm thiểu tác hại của nguồn nước sinh hoạt bị ô nhiễm Arsenic.
Trước đây, cộng tác quản lý Nhà nước về tài nguyên nước ở các địa phương triển khai còn yếu kém do thiếu các các văn bản hướng dẫn thi hành, thực hiện pháp luật về tài nguyên nước ở cấp địa phương. Nhưng sau khi được Bộ TN&MT hướng dẫn và UBND cấp tỉnh quan tâm, đã có 55/63 tỉnh thành phố trực thuộc Trung ương đã ban hành trên 100 văn bản cụ thể hóa công tác quản lý tài nguyên nước ở địa phương. Nhiều địa phương đã thành lập Phòng Quản lý tài nguyên nước.
Đứng trước những biến đổi về sự gia tăng dân số dẫn tới nhu cầu về nước tăng nhanh, tình trạng ô nhiễm, suy thoái, cạn kiệt nguồn nước đã xảy ra ở một số nơi, sự biến đổi của khí hậu toàn cầu... và thêm vào đó là hệ thống pháp luật về tài nguyên nước chưa được hoàn chỉnh đang đặt ra những khó khăn không nhỏ đối với công tác quản lý tài nguyên nước. Tình hình đó đặt ra yêu cầu phải tiếp tục xây dựng và hoàn thiện hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về quản lý tài nguyên nước, trong đó tập trung vào việc sửa đổi, bổ sung Luật Tài nguyên nước; xây dựng và thực hiện các chương trình mục tiêu quốc gia để giải quyết các vấn đề lớn nhằm đảm bảo an ninh về nước...